Polsko-Czeskie Towarzystwo Naukowe formalnie powstało na zabraniu założycielskim w Polanicy-Zdroju 9 IX 2006 r. Podjęło regularną działalność statutową po rejestracji 16 IV 2007 r., uzyskawszy  równocześnie status „organizacji pożytku publicznego” (OPP). Siedzibę ma we Wrocławiu, lecz w intencji założycieli i w codziennej działalności przejawia autentycznie międzynarodowy, transgraniczny charakter.
Główne cele statutowe Towarzystwa to prowadzenie badań nad historycznymi i współczesnymi problemami Polski i Czech oraz stosunków polsko-czeskich, inspirowanie i organizowanie polsko-czeskiej współpracy badawczej, upowszechnianie uzasadnionej naukowo wiedzy o Polsce
i Czechach oraz ich wzajemnych relacjach, zabieganie o jak najszersze wykorzystanie wyników badań naukowych w kształtowaniu stosunków polsko-czeskich.
Towarzystwo liczy prawie 500 członków. Są to pracownicy nauki (głównie dziedzin humanistycznych i społecznych), ale także przedstawiciele innych środowisk
(nauczyciele, samorządy, media, studenci itd.). Reprezentują wszystkie ważniejsze ośrodki naukowe Polski i Czech: Wrocław, Poznań, Warszawa, Opole, Katowice, Kraków, Lublin, Rzeszów, Łódź, Zielona Góra, Szczecin, Praga, Hradec Králové, Ołomuniec, Ostrawa, Brno, Czeskie Budziejowice, Pardubice; nie brak przedstawicieli mniejszych ośrodków tak pogranicznych (np. Kłodzko, Cieszyn, Opawa),
jak bardzo nawet odległych od granicy (np. Słupsk). Wielu z nich pełniło lub pełni ważne funkcje publiczne, np. rektorów czy członków władz samorządowych.
Podstawowymi jednostkami wewnętrznej struktury organizacyjnej Towarzystwa jest 5 stałych Komisji, które skupiają członków o zbliżonych zainteresowaniach naukowych:
Komisja I Nauk Historycznych
Komisja II Nauk Filologicznych
Komisja III Nauk Społecznych
Komisja IV Nauk Przyrodniczych i Ścisłych
Komisja V Nauk Stosowanych